נושא הקבצים וההגנות של הספרים האלקטרוניים אינו מפותח ובשל עדיין. קיימים כמה סוגים של פורמטים כאשר לא כל פורמט ניתן לקריאה בכל מכשיר. לדוגמא: קובץ שהורד מאתר של אמזון (סיומת .mobi) ניתן יהיה לקרוא רק על הקינדל (מן הסתם...). אם תרצה להחליף מכשיר, למשל לסוני, תופתע לגלות שכל הספרייה שרכשת באמזון לא תתמך במכשיר של סוני (הערה:היום כבר קיימות כל מיני תוכנות שממירות פורמטים שונים, אך זוהי התעסקות לא קטנה). כמו כן, לא קיים מנגנון הגנה אחיד ומקובל - משתנה נוסף לחוסר האחידות בשוק הספרים האלקטרוניים. באופטימיות זהירה ניתן להניח שמכיוון ששוק הספרים האלקטרוניים עדיין טרי (בעולם, ובטח בארץ) יבוא יום בו נראה פורמט אחיד שישלוט התחום, כפי שקרה בעולם המוסיקה, עם שליטתו של פורמט ה-MP3.
כתבה שהתפרסמה בידיעות אחרונות, שופכת אור נוסף על הנושא הזה, וכפי שמציינים שם - הפורמט המוביל של הספרים האלקטרוניים הוא כנראה ה-ePub (קיצור של Electronic Publication).
עוד מזכירים בכתבה את נושא הגנות ה-DRM (קיצור של Digital Rights Management) - לטענתם, ההגנות הן הכרחיות וההוצאות לא ילחמו על כך. על פי מה שלמדנו מקריאה בפורומים ובאתרים בחו"ל - המטרה היא להסיר את ההגנות מקבצי הספרים, כי דווקא הם אילו שמעודדים פיראטיות ועותקים לא חוקיים. ההיסטוריה של תעשיית המוסיקה והסרטים מלמדת כי עדיף ללא ההגנות. נראה באיזו דרך תבחר תעשיית הספרים האלקטרוניים...


